Опасными для суверенного государства событиями была полна русская история после смерти Ивана Грозного и его сына Федора — в годы правления Бориса Годунова (1598-1605), предшествовавшего наступлению Смутного времени. Неразгаданная тайна гибели царевича Димитрия стала трагическим символом этого периода, нашедшего удивительно мощное художественное воплощение в двух произведениях: трагедии Александра Пушкина «Борис Годунов» и народной музыкальной драме Модеста Мусоргского, написанной по произведению Пушкина и материалам «Истории государства Российского» Николая Карамзина.
Премьера оперы состоялась 27 января (8 февраля) 1874 года в Мариинском театре, вызвав полярные оценки критиков и недовольство двора. Ценя в ней народно-исторический сюжет, социально-психологическую акцентировку характеров главных персонажей и даже типажей «из толпы», критики с явной осторожностью принимали совершенно необычный музыкальный язык Мусоргского. Как отмечает Асафьев, «… новизна музыки, жизненность сцен и характеристик, меткость в музыкальном воспроизведении языка действующих лиц разных классов…, свежесть мелодии и гармонических оборотов…— все это не могло не привлечь общественного внимания к опере». Однако, «слабая вообще техническая сторона произведения», как охарактеризовал ее Римский-Корсаков, «обрывочность мелодических фраз, неудобства голосовых партий, жесткость гармонии и модуляций, погрешности голосоведения, слабая инструментовка… вызвали бурю насмешек и порицаний».
Революционный музыкальный язык историко-политической драмы Мусоргского, основанный на народной песне и интонациях живой повседневной речи, был оценен по достоинству уже в начале XX века (в редакции Римского-Корсакова). Датой второго рождения оперы считается 1908 год, когда она прозвучала в Париже с Федором Шаляпиным в партии Бориса.
В Пермском городском театре, затем в Пермском театра оперы и балета опера Мусоргского была нередким гостем, несмотря на сложность ее театральной судьбы (со сцены императорских театров она сошла уже к 1882 году). В конце 1890‑х годов — впервые на провинциальной сцене — была осуществлена удачная по отзывам современников постановка «Бориса Годунова» с любимцем публики Алексеем Кругловым в партии Бориса. В 1936 году режиссер Варламов попытался осуществить постановку первой авторской редакции оперы (в ней отсутствуют Польский акт и сцена «Под Кромами», но еще не убрана Мусоргским сцена с юродивым у собора Василия Блаженного). Однако разногласия с дирижером привели к решению остановиться на редакции Римского-Корсакова с добавлением сцен из первой версии. В этой работе, впервые в истории пермских постановок, режиссер смог создать образ «действующего» народа, проявляющего свою безмолвную волю в противостоянии с царем.
Главный режиссер театра Иосиф Келлер дважды — в 1949 и 1965 годах — принимался за «Бориса Годунова», стремясь раскрыть образ народа как «великой личности, одушевленной идеей», стихии, неподвластной воле царя. Пресса, отдавая должное работе над оперой, указывала на «трафаретность» и невыразительность народных массовых сцен, столь ярко написанных Мусоргским. Для премьеры 1998 года (как и в 1936 году) была взята первая редакция оперы. Эта версия отвечала замыслу режиссера Георгия Исаакяна, стремившегося сосредоточить художественное внимание именно на трагедии личности Годунова, а не на противостоянии власти и народа. «Преступление против совести — это чисто русская идея» (из режиссерского комментария концепции постановки).